Недолго прихожане посещали этот храм а в 1946 году когда немецкое население стали постепенно депортировать церковь и вовсе оказалась не нужна новой советской власти после войны в за ней церкви располагалась автомастерская…
Во время английской бомбежки Кёнигсберг он был просто стёрт с лица земли, но этот храм сохранился буквально чудом. Он находится между двумя рукавами Преголи и бомбежка шла как раз вдоль реки, наверное это был главный ориентир… Поэтому это действительно чудо что храм сохранился, только лишь кровля сгорела.
В июне 1986 года здание бывшей кирхи Креста было передано Русской православной церкви в безвозмездное пользование. В 1991 году в здании был зарегистрирован Крестовоздвиженский приход Смоленско-Калининградской епархии РПЦ. С 1991 по 1994 годы были произведены реконструкция и частичный ремонт кирхи. Храмовое здание приобрело первозданный внешний вид и двухуровневое внутреннее устройство, приспособленное для регулярного совершения церковных богослужений.
Нет худа без добра два предела в Крестовоздвиженской церкви появились благодаря тому, что здесь были сделаны перекрытия. Святейший Патриарх, Московский и Всея Руси Кирилл, тогда будучи еще архиепископом Смоленским и Калининградским, он благословил эти перекрытия оставить ради удобства.
Два храма верхний и нижний, нижняя часть освещена в честь святого благоверного князя Александра Невского, и Крестовоздвиженский верхний храм освященный в честь – Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня. С начала 90-х годов наш храм был утвержден в качестве кафедрального и вплоть до 2006 года, оставался кафедральным собором.
В 2006 году было произведено благоустройство всей соборной территории. Данные работы были приурочены к посещению прихода Крестовоздвиженского собора Святейшим патриархом Московским и всея Руси Алексием II, которое состоялось 9 сентября 2006 года в рамках празднования 20-летия Калининградской епархии и 60-летия Калининградской области.
С 1989 года в соборе действует собственный хор, участвующий в богослужениях по субботам, воскресеньям и православным праздникам. Также хор участвует в различных православных фестивалях в России и за рубежом. С 2004 по 2006 годы хором были записаны пять дисков, один из которых был посвящён «Литургии св. Иоанна Златоуста» Константина Шведова. Руководителем хора с 1991 года и по сей день является Евгения Синиченкова.